Shell dosyası yüklenmiş sonra dosyalar silinip değiştirilmiş, dosya yükleme formlarınıza dikkat edin, dosya tipini kontrol edin sadece uzantı değil, görsel gibi gözüküyor ama exif içerisine php kodları ekleniyor o yüzden mümkünse sizde dosyaları dönüştürüp öyle kaydedin exif datalarını silin sunucunuza öyle kaydedin.