Elinize sağlık, baya güzel olmuş. İzninizle CSS kısmındaki sorunları düzelteyim.

Masaüstünde menüyü dikey ortalamak için index.php açarak <!-- Desktop Menu --> yazan kısma gelin ve items-center sınıfı ekleyin.



Mobilde menü butonunu en sağa almak için ise id="mobile-menu-btn" yazan butona gelin ve flex ile justify-end sınıflarını ekleyin.



Bunları doğru şekilde yaptığınızda sorunlar düzelir muhtemelen.