PHP ve Python'ı beraber en verimli kullanım yolunun şu olduğunu düşünüyorum:
PHP normal Linux sunucusunda çalışır, PY'ye ile iletişime geçebileceği bir ara API yazılır.
Python 7/24 açık bir windows VDS'te çalıştırılır ve düzenli olarak API'a istek göndererek yapması gereken işlemleri yapar ve geri API'ye bildirir.

Tam olarak yazılımın amacını açıklayabilirseniz soruna bir çözüm üretebiliriz.