Siteleriniz ne üzerine ? Cagefs açığı olur ama bana sorarsanız bu çok önemli değil. Onun haricinde, belirttiğiniz limitler tamamen ortadan kalkar.
yani:

bir sitenizde herhangi bir eklenti
Ödeme eklentisi vs yanlış yapılandırılırsa tüm sitelere etki eder ve tüm siteler çöker
Yanlış bir daha doğrusu yanlış yapılandırılmış bir kod da tüm siteleri çökertir .
cloudlinux sayesinde her site kendinden sorumlu oluyor. Bir sitede sorun olunca sadece o site çöker
Limit belirleme özelliğini cloudlinux ya da herhangi bir yazılım olmadan da yapabilirsiniz ama teknik bilgi ister kod bilgisi sunucu bilgisi vs

Kaldırsanız sorun olmaz büyük ihtimalle ama risk meselesi.
İlle kaldıracağım diyorsanız önce her şeyi sitelerinizi bi kontrol edin sonra kaldırın
Cpanel kullanıyorsanız yine sıkıntı hocam sitelerin Php sürümleri bozulabilir

ücretli teknik bilgiye ihtiyacınız olursa dm atabilirsiniz

Edit: yukarıda birinin dediği gibi cloudlinux un hiç yük olmaması lazım. Sizin sitelerde bi sıkıntı var. Error loglara bakın ya da kendiniz error log ürettirin kaynak harcayan dosyaya bakin