Bu durumda, e-fatura sistemine geçmiş olmanız tek başına faturaların otomatik olarak beyan edildiği anlamına gelmediğinden, muhasebeci tarafından BA/BS ve KDV beyannamelerine dâhil edilmeyen faturalar eksik beyan veya hiç beyan etmeme olarak değerlendirilir ve Vergi Usul Kanununun özellikle 30, 341, 344 ve 352. maddeleri uyarınca vergi ziyaı cezası, buna ek olarak usulsüzlük/özel usulsüzlük cezaları gündeme gelebilir; cezanın tutarı, beyan dışı kalan faturaların toplam KDV matrahına, dönemine ve ziya doğurup doğurmadığına göre değişmekle birlikte genelde ziya doğuran vergilerin bir katı vergi ziyaı cezası + gecikme faizi şeklinde uygulanır. Eğer faturalar tamamen doğru düzenlenmiş, müşterilere ulaşmış ancak yalnızca beyannamelere dâhil edilmemişse, idare çoğunlukla kast aramaz ve teknik/muhasebe kaynaklı hataları ziya doğuran eksik beyan sayar; buna rağmen, izaha davet veya pişmanlık hükümlerinin işletilebildiği bazı durumlarda ceza indirimi mümkündür. İnceleme yazısı size yöneltildiği için öngörülen ceza muhasebeciye değil mükellef olarak size kesilir, ancak sizin dışınızda gelişen teknik hata hususu dilekçeyle açıklanarak indirim uzlaşma pişmanlık süreçleriyle yüksek oranda düşürülebilir kesin rakam yalnızca incelemede tespit edilen dönem, tutar ve matrah farkları görüldükten sonra belirlenebilir.