Bootstrap ve jquery'yi neden kendi sunucunuzda barındırıp oradan alıyorsunuz ki ? Doğrudan cdn üzerinden alırsanız hem daha performanslı olur. https://cdnjs.com/libraries/bootstrap buradan bootstrap, https://cdnjs.com/libraries/jquery buradan da jquery için uygun versiyonunuzu seçip link ve script satırlarını alabilir ve php dosyanıza yazabilirsiniz