Hemen cevap veriyim.
Bir çok kişi eklenti ile yedekler almaktadır yada direk cPanel üzerinden yedekler almaktadır ama maalesef bir süre sonra diğer dosyalar bozulacağı için yedekler çalışmayacaktır yada hatalar meydana gelecektir.

Bu yüzden manuel yedek almak en doğrusudur ve özellikle haftalık/aylık en az 1 kere yedek alınarak gidilmelidir isterseniz 2-3 günde bir alın en azından bir sorun dahi olduğunda bir önceki yedekle devam edin. Her değişiklik yenilik veya geliştirmelerde muhakkak yedek alın ki takıldığınızda dahi geri dönebilin.