Kafanı karıştırmamak için sana özet geçeyim. Forumlarda genellikle etiket kullanımının faydasız olduğu söylenir, ancak bence bu genelleme doğru değil. Etiketlerin gereksiz mi yoksa faydalı mı olduğunu belirleyen en önemli şey, senin sitenin yapısı ve etiketleri nasıl kullandığındır.
Mesela:

• Her yazıya 5-10 etiket koymak,
• Her etiketi sadece bir yazıda kullanmak,

bunlar yanlış yaklaşımlardır. Etiket kullanımı bir nevi sitenin kendi içinde bir yapı kurması gibidir ve bu yapıyı iyi planlamak gerekir.
Senin dediğin gibi, 500 gönderiye 3000 etiket çok fazla ve büyük ihtimalle bu etiketlerin %80-90’ı Google tarafından indekslenmiyor. Bunun sebebi ise bu etiketlerin çoğunun değersiz ve yinelenen içerik (duplicate content) olarak algılanmasıdır.

Kaldırma konusuna gelirsek;

• Öncelikle etiketlerden trafik alıp almadığını kontrol et.
• Ayrıca bu etiketlerin Google’da indekslenip indekslenmediğine bak.
• İndeks almayan, değer yaratmayan etiketleri temizle, ama indeks alan, trafik getiren etiketleri silme. Çünkü bu SEO açısından zarar verir.

Bence ise;

• Etiket yerine, daha güçlü ve organize bir kategori yapısı kur (alt kategoriler vs.).
• Etiket kullanacaksan, her yazıya 1-2 tane alakalı ve anlamlı etiket koy.
• Etiket sayfalarını, benzer içeriklerle besle ki zayıf, boş sayfalar oluşmasın.