Umarım doğru anlamışımdır durumu.

Tüm URL'leri yönlendirmemeniz kötü olmuş (

Bu saatten sonra yürünecek yol bence şöyle:
Dizin raporu (hata değil.) olduğundan dolayı hiçbir işlem yapmayın. Zaman içerisinde 404 hata kodu veren sayfalar azalacaktır.
Site kaynak kodunda da 404 hata kodu veren URL'lerin olmamasına dikkat edin. Var ise düzeltin yeni URL'ler ile.
Bu süreçte Search Console panelinden "Düzeltmeyi doğrula" işlemi yapmayın.