Selamlar dostum, yaşadığın bu CNAME ve Cloudflare çakışması durumu, özellikle hosting firmalarının kendi iç sistemlerini veya load balancer'larını kullanırken sıkça karşılaşılan bir problem. Cloudflare'ın CNAME kaydını proxy yapmaya çalıştığında site açılmıyorsa, büyük ihtimalle senin VDS sağlayıcının sistemi zaten kendi içinde bir ters proxy veya WAF çözümü kullanıyordur ve Cloudflare'ın araya girmesiyle çakışma yaşanıyor.
Açıkçası, bu durumda kesinlikle Cloudflare Argo Tunnel yöntemini değerlendirmeni öneririm. Argo Tunnel, senin VDS'ine `cloudflared` adında küçük bir client kurarak dışarıya IP adresini veya CNAME'ini göstermeden, direkt Cloudflare ağı üzerinden güvenli bir tünel oluşturur. Böylece Cloudflare'ın tüm güvenlik ve performans özelliklerinden tam olarak faydalanabilirsin ve sunucu IP'n tamamen gizli kalır. Bu sayede o ufak saldırılarda RAM tıkanması sorununu da büyük ölçüde çözersin, çünkü tüm trafik önce Cloudflare'dan geçer.
Öneri için teşekkür ediyorum. Fakat firma sadece uygulamayı seçtirip kuruyor ve cname veriyor. Yani vds yada bir panel üzerine yetki vermiyor. Örn wordpress kurdun hazır olarak yedek alırken sadece sftp ile w-content klasörünü açıyor.