Sunucuya virüs girmesinin bir çok sebebi olabilir öncelikle bunları araştırmak lazım. İstediğiniz kadar koruma yazılımı yükleyin veya ekleyin eğer ki root yetkisi ile veya virüs bulaşıyorsa yahut bir güvenlik açığı ile virüs yükleniyorsa yine başınıza gelecektir. Bu yüzden tavsiyem arkadaşın da belirttiği gibi her site ayrı docker üzerinde çalışması gerek. Ama en nihayetinde bu virüsten koruma değil sadece izolasyon olur. Önemli olan virüsün kaynağını ve açık kapı neresi onu tespit etmek.