Merhabalar öncelikle,

Evet tamam ilk etapda sunucunuzun güvenliği kuralları çok önemli ancak yapmış olduğunuz yazılımda bulunan kaynakları koruması açısından upload kısımlarındaki kurallar, dışarıya veri alışverişinde bulunan tokenlar vesaire gibi etkenler de bu güvenliği sağlamalı yani size tavsiyem dışarıdan çok içeride de güvenliğinizi alın, kurallarınız katı olsun CSRF korumanız olsun, RateLimiting, XSS Protect vesaire bunlara da yazılım olarak önem verirseniz sorun yaşamazsınız.