Dizine eklenmedi kısmındaki url'leri direk silip kaldırma diye birşey yok malesef.
Dizine eklenmediyse o url'ler orda durur. google ne zaman 404 veya 301 olduğunu görürse, zamanla öyle siler, veya o url yi dizine ekletirseniz ordan kaldırır.

GSC üzerine Farklı sorun veya fixlenmesini istediğiniz durumlar olursa uygun fiyata uzman şekilde yardımcı olabilirim.
Saygılar.