Birçok nedeni olabilir bu durumun.
Sitelerinize brute force trafiği geliyor olabilir, özellikle wordpress scriptler varsa bu sitelere zaman zaman random brute force istekleri gelebilir bu trafik analitik gibi yerlerde görünmeyebilir site erişim kayıtlarından kontrol edebilirsiniz. Cloudflare kullanıyorsanız oradan da trafik kontrol edilebilir buna göre ülke bazlı engellemeler yapılabilir waf kuralları yazılabilir.
Herhangi bir brute force trafiği yoksa sitelerin sorgularında problem olabilir, eklenti tema kontrolü cache yoksa cache eklentisi kurulumu yapılıp durum izlenebilir.
Son ihtimal ise hizmet aldığınız firma ana sunucuyu fazla yüklemiş olabilir bu durumda size verilen cpu hakkı düşebilir veya gerçekte verilen cpu hakkı ile görünen cpu limitleri farklı olabilir bu da düşük sunucu performansına sebep olabilir. Mesela sunucuda. 6 çekirdek cpu görünürken arka planda firmanız 4 ghz gibi bir limit koyarsa 6 çekirdek cpunun hiçbir önemi kalmaz.