Birden fazla rewrite on olduğu için, 2. katmana gerek yok mevcut rewrite'nin altına koyman yeterlidir.
# index.php'yi ana dizine yönlendir
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,}s/index.php [NC]
RewriteRule ^index.php$ / [R=301,L]


Ana sayfada link kodu yoksa header içinde olabilir.