cpu 100% kullanılması hayra alamet değil. Bu sıradan bir yük değil. Sorgularda hata olabilir örn sonsuz döngüye recursive vs. girmiş olabilir. my.ini yapılandırma ayarlarınızda hata olabilir (innodb_buffer_pool_size, max_connections, query_cache_size )
To many connections hatası aldığımdan dolayı max_connections değerini 100000 yapmıştım.