Merhaba hocam.
404 sayfanızın anasayfaya yönlenmesi genellikle ya .htaccess dosyasındaki bir yönlendirme kuralından ya da sitenizde çalışan bir tema veya sistem dosyasından kaynaklanır.
İlk olarak .htaccess dosyanızın en üst kısmına şu satırı eklemeyi deneyin:

ErrorDocument 404 /404.html
(Buradaki /404.html kısmını kendi özel 404 sayfanızın adresiyle değiştirmeniz gerekir, örneğin /404.php gibi.)

Eğer bu eklemeye rağmen hâlâ anasayfaya yönleniyorsa, muhtemelen tema dosyalarınızda 404 sayfası otomatik olarak yönlendirilmiştir. Bunun için sitenizin 404.php dosyasını kontrol edin. İçinde şu şekilde bir yönlendirme kodu olabilir:

wp_redirect(home_url());
exit;

Bu satırları bulursanız ya tamamen silin ya da yorum satırı haline getirin (başlarına // koyarak).
Son olarak, eğer hosting sağlayıcınız cPanel veya benzeri bir kontrol paneli kullanıyorsa, orada “Hata Sayfaları” (Error Pages) kısmından özel 404 sayfası tanımlaması yapılmış olabilir. Orayı da kontrol etmenizi öneririm.