Evet, mümkün.

Apache kullanıyorsan .htaccess dosyana bu kodu ekleyerek JS dosyalarını engelleyebilirsin:

<FilesMatch "\.(js)$">
    Order Allow,Deny
    Deny from all
</FilesMatch>

Eğer sadece belirli dosyaları engellemek istiyorsan:

<Files "abc.js">
    Order Allow,Deny
    Deny from all
</Files>

Apache kullanmıyorsan farklı bir alternatif üretebiliriz.