Aslında sorun hakkında ipucu vermişsiniz.

Bir tarafta 800-900 ürün olan veritabanı daha büyük olan site, diğer tarafta ürün sayısı daha az daha ufak bir veritabanı var.

Yanlış anlamadıysam woocomerce kullanıyorsunuz, woocomerce çok fazla ürünü olan e-ticaret siteleri için çok uygun bir yazılım değildir ürün sayısı arttıkça yüksek sql kullanımı yapar bu da yüksek cpu kullanımı ve yavaşlığa neden olur. Yazılım tarafı, tema ve veritabanı iyi optimize edilirse uygun bir cache yapılandırması kullanılırsa iyileşme olabilir bunlarla ilgili bir işlem yapılmadıysa sadece cache eklentisi kurup bıraktıysanız yaşadığınız sorunlar paylaşımlı hosting kaynakları için gayet normal.

Şu an sorun yaşamadığınız 60 ürünlü sitenizin de ürün sayısı 500-600 üzerine çıktığında onda da aynı sorunları yaşamaya başlayacaksınız.