<?php
function deleteEmptyPhpFiles($directory) {
    $files = scandir($directory);
    
    foreach ($files as $file) {
        // Geçerli ve üst dizinleri atla ('.' ve '..')
        if ($file === '.' || $file === '..') {
            continue;
        }
        
        $filePath = $directory . DIRECTORY_SEPARATOR . $file;
        

        if (is_dir($filePath)) {
            deleteEmptyPhpFiles($filePath);
        }
    
        elseif (is_file($filePath) && pathinfo($filePath, PATHINFO_EXTENSION) === 'php' && filesize($filePath) === 0) {
            unlink($filePath);
            echo "Silindi: $filePath\n";
        }
    }
}

// Ana dizin (public_html) içinde başlat
$publicHtmlPath = __DIR__;
deleteEmptyPhpFiles($publicHtmlPath);
?>

Yukarıdaki kodu kullandım ve bütün boş dosyaları sildim.

Bunu Cron işleri alanına ekledim. günde 2 kez bu dosyayı çalıştıracak. Sorundan kurtuldum galiba sonuçlarını yazacağım