Dün bu sorunu çözmek için uğraştım, internette yazan pek çok şeyi denedim fakat düzeltemedim. Ardından sayfaların ?p formatında yazıldığında geldiğini fark ettim. Permalink yapısında sorun olduğu netleşmiş oldu bu şekilde. Veritabanında permalink_structure değişmiyor mu diye deneyerek kontrol ettim bir sorun olmadan değişiyordu. Ardından htaccess dosyasının içerisini kontrol ettim, dosyaya da sorunsuz bir şekilde güncelleme yapılıyordu. Son olarak dosyanın okunur olmadığından şüphelenerek kontrol yaptım ve sonuç burada, Apache .htaccess'i görmüyor. Bunun da sebebi Apache ayarlarında AllowOverride All olmaması. Conf dosyasına gerekli eklemeyi yaptıktan sonra sorunum çözüldü. VPS'in tüm ayarlarını biz yapıyorduk bundan dolayı gözümüzden kaçmış, benzer bir sorun yaşayan olursa mutlaka .htaccess dosyasının okunup okunmadığını kontrol etmesini öneririm. Umarım ileri zamanlarda birisi görür ve sorununa çözüm olur.