Sorunun ipuçlarını vermişsiniz zaten.
5400 rpm sata disk ve yüzde 85lere varan ram kullanımı.
Sql işlemleri genelde ufak dosya okuma yazma yapar ve yüksek iops gücü gerektirir, aynı zamanda veriye ulaşım süresi de çok önemlidir. 5400 rpm sata diskin ufak dosya okuma hızları oldukça düşüktür, ayrıca çok düşük iops performansı mevcuttur aynı zamanda veriye ulaşım süresi de çok yüksektir. Bu da işlemlerin geç tamamlanmasına ve sistemin daha fazla cpu kullanmasına neden olur. Ayrıca ram kullanımının yüzde 85 üzerine çıkması sistemin takas ram (swap) kullanımına neden olur, bu takas ram alanını da diskten kullanır, zaten hali hazırda büyük yük altında ve darboğazda olan disk bir de takas ram alanı için daha fazla yüke maruz kalır ve sorunlar başlar.
Sistemi ssd diske taşımanızı öneririm ram miktarında da artış faydalı olur.