Index yapısı yanlışsa/gereksizse bu da yavaşlatır. Sık kullanılan sorguları materalize ederseniz çok fayda sağlar. Ayrıca yeni sunucu kurulumu düşünürseniz sql server 2016 kontrol etmenizi tavsiye ederim, query store da yükünüzü hafifletir.
Erp yazılımı birkaç senelik değil biraz eski ve hatasız olarak 2008 de çalışıyor. Güncel sürüm yüklendiğinde problemler çıkartıyor nedenini bilmiyorum bu nedenle güncelleyemiyoruz. Yapıda gözükmemesi gereke hiçbirşey yok hepsinin olması gerekiyor. Ayrıca bu söylediğiniz düşünülerek sekme sekme çalışıyor.