sunucunuzda clamav varsa ise,
https://github.com/appwrite/php-clamav bunu kullanabilirsiniz.
eğer yüklenenler sadece görsel ise resize edebilirsiniz. orjinal boyutlarından %1 daha küçüğüne yeniden boyutlandırmadan sorunsuz geçiyorsa gerçek görsel dosyalarıdır.
bunun dışında yüklediğiniz dosyalar public olarak erişebilir değilse problem olmaz.
Aslında görsel ve zip dosyası yükleyebilecekler, bu ikisi haricinde yükleme olmuyor. Public olarak değilde özel URL yapısı ile yükleyen kişinin izin verdiği kullanıcılar görüntüleme olmadan yalnızca indirme işlemi yapabilecek.
Edit : Halen önerilerinizi bekliyorum.