Hocam SSH var ise:
CMD üzerinde "ssh user@ip"
Diyerek önce sunucuya bağlanın
Daha sonrasında sitenin bulunduğu dizine cd komutu ile gidin.
Public html e geldiğinizde ls yazın ve dizini listeleyin.
Orada rm yazın ve o dosyaların adlarını yazın (dosya adlarının ilk 2 3 harfini yazıp tab tuşuna bastığınızda otomatik tamamlar)
Tüm dosyalara bu işlemi yapın,

Tüm publichtml temizlenmiş oldu.