İletiyi yazarken aklıma geldi, sunucuda reverse proxy olarak Nginx var. Haliyle önce Nginxten geçtiği için Apache'nin htaccessine uğramadan 404 döndürüyor.
İlgili yapılandırma dosyasında alta ki zımbırtı işi bozuyor.
location ~* ^.+\.(jpeg|jpg|png|gif|bmp|ico|svg|tif|tiff|css|js|ttf|otf|webp|txt|csv|rtf|doc|docx|xls|xlsx|ppt|pptx|odf|odp|ods|odt|pdf|psd|ai|eot|eps|ps|zip|tar|tgz|gz|rar|bz2|7z|aac|m4a|mp3|mp4|ogg|wav|wma|3gp|avi|flv|m4v|mkv|mov|mpeg|mpg|wmv|exe|iso|dmg|swf|woff|woff2)$ {Log sakin sadece dosya yok diyor hata olarak.