Okuma,yazma,çalıştırma | Bu izinler sadece sunucu içerisinde olan kullanıcılar içindir. Sunucuda root hesabına giriş yaptığınızda tüm dosyaları çalıştırma okuma ve yazma yetkisine sahip olursunuz fakat dışarıdan sunucuya sızıldığında www-data kullanıcısı olarak işlem yapılır bu durumda sunucuya sızan kişi sizin 0666 verdiğiniz dizinlere erişimi olamaz(aşılması mümkün). sunucuya dışarıdan giriş yapıldığında root hesabına geçiş yapmadığı sürece sizin chmod yetkilerinize takılır fakat sunucu dışında istediğiniz dosyaya 0777 verin sunucunun php dosyalarını yorumlattığından ötürü ekranda göstermez.
Bilgilendirme için teşekkür ederim. Yinede botla sürekli tarandığına göre bir şekilde bir açık var diye düşünüyorum.