Bu sorun sık sık oluyor muydu ? Aşağıdaki kodları functions.php dosyasına ekleyip dener misiniz, cache sorunu gibi duruyor.

add_action('woocommerce_checkout_update_order_review', function($post_data){
    $packages = WC()->cart->get_shipping_packages();
    foreach ($packages as $package_key => $package ) {
        WC()->session->set( 'shipping_for_package_' . $package_key, false );
    }
});

bu şekilde ödeme sayfasında ayarlar sıfırlanır, deneyip sonucu yazabilirsiniz.