Tek bir çözümü var:

Kod imzalama sertifikası EV(Extended Validation) ile uygulamanızı imzalamak. Uygulamanız 2-3 gün boyunca kullanılınca smartscreen bir süre sonra pasif olacaktır.

Biz imzalar imzalamaz uygulamayı 10 adet sanal bilgisayarda açıyoruz ve bir süre kapat aç yapıyoruz. Sanırım windows bunu güvenlik sertifikalarının otorite sunucularına bildiriyor. Bir süre sonra güvenilir olarak işaretlenip smartscreen i atlatıyor.