Bahsettiğiniz otomatik işlemler grafiksel ise rdp bağlantısını sonlandırdığınızda sistem monitör algılamadığı için sorun yaşıyor olabilirsiniz.
Aslında şunu fark ettim. Uzak masa üstü penceresini yarım yapınca ve kendi masa üstüme geçip herhangi bir yere tıklamazsam işlemler devam ediyor. Ama diyelim ki yine yarım pencere yaptım kalktım burada konuya yorum yazdım bu sefer ya işlem duruyor ya da farklı yerlere tıklıyor ( veya ben tıkladığını düşünüyorum)