apt list --upgradable komutu ile yükseltilebilir olan uygulamalar listesini görebilirsiniz.
apt upgrade -y yaparak tüm paketleri yükseltebilirsiniz.

Ayrıca bir sorun olacağını sanmıyorum. Yine de sunucunuzu aldığınız yerde var ise bir snapshot almanızı tavsiye ederim.