Sitenizde tema/sistem, htaccesste url vs. kodlama kaynaklı url leri farklı şekilde verdiği oluyor sanırım. Google gördüğü tüm linklere atlar özellikle indexe kapalı değilse : )
Search console da ise bu durum genelde bahsettiğiniz gibi gözükür. Başka bir durum söz konusu değilse.