Public_html kullanıyorsa aynı dosyayı paylaşmasınlar diye bir şey olmaz. Aynı hosting kullanıcısı kullanılır. Bunu Farklı host veya hosting kullanıcısına kurup a kaydı ile çalıştırabilirsin. İndeklenmemesi için
<meta name="robots" content="noindex"> head içine bunu ekleyebilirsin.