Sorun cagefs ve governer. Tecrübeme dayanaraktan söylüyorum.
Biz hosting firmaları hosting müşterilerini güvenlik açısından birbirinden ayırmak, izolasyonu sağlamak, aynı zamanda kaynak limiti uygulamak için sunucu genelinde cagefs, mariadb tarafında governer kullanıyoruz.

Cagefs kurulu bir sunucuda bir web sitesini limitlemeseniz bütün kaynakları verseniz bile cagefs kurulu olmayan bir sunucudaki siteden bir tık daha yavaş açılma durumu yada milisaniyelik gecikmeler olabiliyor.Kendi vps sunucunuzda cagefs olmadığı için farkı görebiliyorsunuz.

Bu belirttiğim etkenlerden biri. Tabi firmanın eski nesil donanım kullanıp kullanmadığı, disk tarafında ne kullandığı, verimerkezi hat kullanım durumuda sebep olabilecek etkenlerden biri.