Yazılımda her şeyin yerli yerinde olduğunu ve görünürde/analizlerde sorun olmadığını düşünüyorsanız geriye MySQL-Server'a bakmak kalıyor. Tabii my.cnf ne durumda bakmak lazım ama unutmayın ki, her sunucunun yükü aynı değil yani MySQL-Server konfigürasyonu birine uyarken diğerine uymayabilir.