WHM üzerinde yer alan Yedekleme Yapılandırması kısmından yedekleme görevi oluşturabilirsiniz. Yedeklerin oluşacağı dizini set edebilirsiniz. cPanelde bu cron default gece 2 de çalışır.

Veya ssh üzerinden toplu site / kullanıcı yedekleme komutları koşturup yedeğin /home/ dizini altına alınmasını sağlayabilirsiniz. Örnek;
for i in $(ls /var/cpanel/users); do /scripts/pkgacct $i;done
gibi ..

Eğer bunların hiç biri değil de sadece /home/user/public_html ve bağlı .sql leri yedekletecek iseniz ve başka bir ilave yedekleme düşünmüyor iseniz ssh üzerinden bir bash script yazdırarak da aldırabilirsiniz.

Uzak yedekleme düşünüyor isenizde googlederive, jetbackup gibi eklentilere bakabilirsiniz.