Sitenizin dili PHP ise $_GET[] ile yapabilirsiniz. Biraz yazılım bilgisi gerekiyor. B sitesine A sitesinin linkini koyacaksın "a.com/?ref=b_sitesi" şeklinde. A sitesinin ilgili sayfasında da şuna benzer bir kod koyacaksınız;

$referans = $_GET["ref"];      //linkteki ref değerini alalım
if($referans){     //eğer linkte ref değeri varsa işlem yapsın
    echo $referans ." referansıyla geldiniz";     //Eğer ref değeri varsa "b_sitesi referanıyla geldiniz" yazsın ekrana
}else{
    //Eğer referans yoksa burada da istenilen işlemler yapılabilir
}

NOT: Bu basit bir kod. Hileli/sahte tıklamalara açık. Gerekiyorsa ekstra güvenlik önlemi alınmalı. özellikle sayaç olarak kullanılacaksa bu çok çok basit kalır.