Tesekkurler hocam, bende bu tarz bisey kullanmayi dusundum (MolView, pyMol, vs.) ilk basta fakat su tarz sorunlar bulunmakta:
1. Tam olarak 3D degil istegim, cunku butun atomlarin tam olarak gorunmesi ve hic birinin bir birinin arkasina gecmemesi lazim. Yani aslinda 3D grafik 2D duzlemde olmasi lazim.
2. Biraz kucuk fakat, butun molekul baglari tek cizgi olarak gozukuyor (bazen 2 olmasi gerekiyor).
3. Son olarakta render ayarlari cok goze hitap etmiyor, benimde cok anladigim soylenemez bu yuzden yardima ihtiyacim var.

Duzenleme: Bu konularda yardimci olabilirseniz, threejs aslinda isimede gelir websitemede koyabilirim daha sonra. Fakat, su andaki onceligim referans tasarima yakin bir cikti saglamak.