Veriyi kontrol ederken üyenin profil bilgilerini daha güncellemediğin için üye email adresi var gözükecektir eğer üye email adresini farklı girmediyse.
Bunun için bilgilerini güncellediğin üye harici kontrol yaptırman gerekir veritabanında bunu da

"SELECT 1 FROM `users` WHERE `email`='".$email."' and `id` != '".$user['id']."' LIMIT 1"

şeklinde yapabilirsin.