Bu kodu sayfa içerisindeyken en aşağıda (sayfa yüklendikten sonra) çalıştırdığın için html elementini görüyor ve çalışıyor. Ancak harici js dosyasını en üstte çalıştırdığın için (sayfa henüz tam yüklenmeden) html elementini görmüyor. Dolayısıyla harici js dosyasında döküman yüklendikten sonra bu kodu çalıştırman gerekiyor.

 
    document.getElementsByClassName("harfsinifi")[0].style.fontSize="22px"; 
    document.getElementsByClassName("harfsinifi")[1].style.fontSize="22px"; 
    document.getElementsByClassName("harfsinifi")[0].style.color="white"; 
    document.getElementsByClassName("harfsinifi")[1].style.color="white";