Hocam teşekkür etmesine edeyim de sorun cpaneldeki nginx caching ile alakalıymış. Onu da kendim fark edip çözdüm. Kurulumda herhangi bir sorun yokmuş ama nginx caching önbelleklediği için site hep hatalı kurulum olarak gözüküyormuş, onu kapattım çözüldü. Tekrardan ilgilenip çözüm sunanlara teşekkürler.
Eywallah hocam. Sorunu nasıl çözdüğünüzü bu şekilde yazmış olsaydınız belki başkası da faydalanırdı.