Güncellenmiyor değil cache'de kalıyor. Öncelikle tarayıcı önbelleğinizi temizleyin.
Geliştirme ortamında src attribute'ünden sonra rastgele parametre ekleyerek sorunu çözebilirsiniz. (tarayıcı bunun yeni bir dosya olduğunu varsayacak ve önbelleğe almayacaktır.)

<script type="javascript" src="@Url.Content("~/scripts/mainController.js?" + DateTime.Now.ToString("HHmmss")"></script>

Canlı sunucuya geçtiğinizde eklediğiniz parametreleri kaldırmayı unutmayın.