Normalde imzasız kesebilirsiniz.
Öncelikle hangi portaldan fatura kestiğinizi bulun.
LOGO - PARAŞÜT - UYUMSOFT - AKINSOFT vs.vs.

gibi programlar ile fatura kesilir. Fatura keserken imzayı kullanmanıza gerek yok. İmzayı sadece yetki verirken kullanırsınız devamında tekrar tekrar flaş takıp fatura onaylamanız gerekmez.

Edit:
Bu arada muhasebeci nasıl işten çıkmış o sizin şirket muhasebecinizdir. (ÖN MUHASEBE)
Mali müşavirinizden bu konular için tekrar destek alabilirsiniz.