bence ana siteye bağlı satış yapılacaksa bu ayrı bir konudur. subdomain olmalıdır. Alt klasör olursa örnek verecek olursa siteye ekleyeceğiniz "x" ürünler zamanla değişecek veya ürün satıştan kaldırılacaktır, buda google gözünde kötü bir durum yaratacaktır. Ana site zarar görecektir.

Kullanıcı açısından alışveriş sitesinin akılda kalıcı olması, marka olabilecek yapıda olması önemlidir. Kullanıcı deneyimi açısından bir ürün alacağım zaman adres çubuğuna alışveriş sitesinin adresini yazarım, kısacası alısveriş sitesine girdiğim zaman direkt ürünleri görmek isterim, alisveris.anasite.com diye yazmaya çalışırım.

Altklasör şeklinde site açmak, sitenin ana amacı doğrultusunda örneğin haber sitelerinde "anasite.com/spor" veya farklı dilde yayın yapmak istediğiniz zaman "anasite.com/en" avantajlı olur.

Subdomain ise ana içerik dışında yayın yapmak açısından avantajlı olur, google uygulamalarından zarar görmez, alan adı masrafı olmaz ama yeni bir site gibi çalışır. fakat ana sitenin katkısını alamaz.

Bana kalsa ben alışveriş sitesini ayrı bir domain olarak açarım. subdomain, altklasör şeklinde açmak alan adını gereksiz uzun olmasına, satış sitesinin adının marka olmasına engel olabilir.

Kişisel bilgi, deneyim ve tecrübelerim bunlar, karar sizindir.