Söylendiği gibi cloudflare bir proxy sunucudur ve ziyaretçi ile sizin sunucu arasında bir köprüdür, haliyle sitenize erişen ziyaretçiler cloudflare proxy sunucularından geçerek sizin sunucuya ulaşır ve kaynak ip adresleri cloudflare sunucularınn ip adresleri olarak görünür. Webserver taraflı olarak header bilgisini okutarak gerçek ip adreslerini görebilirsiniz fakat iptables yasaklamaları netstat verileri üzerinden yapıldığı için bu header bilgilerinin bir önemi yoktur.
Yasaklamaları cloudflare üzerinden yapmalısınız yada bir yazılımcıya bash script yazdırıp otomatik olarak sunucu üzerinden yasakladığınız ip adreslerini api ile cloudflare üzerinden de yasaklatabilirsiniz.