Ana dizinde test.php adında bi dosya oluşturup

<?php
phpinfo();

kodlarını koyup kaydedin. siteadi.com/test.php adresine gidin. Bu şekilde siteye ionCube load oluyor mu, oluyorsa hangi versiyon gibi detayları görebilirsiniz. Aynı sayfada çok fazla bilgi olacağı için CTRL + F yapıp "ioncube" olarak aratmanızı tavsiye ederim. WHM'de ionCube loader aktif olmasına rağmen, bu sayfada görünmüyorsa 2 sebebi olabilir. Bazen WHM'de takılabiliyor, tweak settings (ince ayarlar) sayfasına geçip ionCube loader seçeneğini kapatıp kaydedin, sonra tekrar aktif edin ve Web server için restart atın.
Bir diğer sebebi ise cPanelde seçilen farklı, .htaccess dosyasına eklenen farklı bi PHP sürümü olmasıdır.