DELETE FROM kullanici_tablosu
WHERE updated_at < CURDATE() - INTERVAL 3 MONTH;

Bu sorgu, kullanici_tablosu adlı tablodaki, son 3 ay içinde giriş yapmamış olan kullanıcıları silecektir. updated_at sütunu, güncel tarihten 3 ay öncesinden daha küçük (yani eski) olan kullanıcılar seçilip silinecektir.
Veritabanında işlem yapmadan önce yedek almayı unutmayınız.