Detayları bilmeden fayda ya da zarar sağlayacağı bilinmez ama şunu net söyleyebilirim:

Bir linki, sadece robots.txt ile disallow etmek, o linkin indeks almasını tamamen engelleyemez.
Robots.txt ile engellenen bağlantıya backlink verilirse ve googlebot'ları o backlinki tararsa dizine eklenebilir.