json_decode işlemi içerisindeki 2. parametreyi true yaptığınızda, gelen veri object yerine array olarak döner. Ama aşağıda veriyi object olarak işlediğinizi görüyorum. Eğer file_get_contents'den gelen veri json olarak doğru bir şekilde geliyorsa;

<?php
$xmlaltin = json_decode(file_get_contents("https://finans.truncgil.com/v4/today.json"),true);
if ($xmlaltin === false) {
    // Handle error when loading XML
    die('Error loading XML file');
}
$graltinalis = $xmlaltin['Currency'][5]['Buying'];
$graaltinsatis = $xmlaltin['Currency'][5]['Selling'];
 
// Creating an associative array with currency codes and their respective exchange rates
$outputaltin = [
    "graltinalis" => "{$graltinalis}",
    "graaltinsatis" => "{$graaltinsatiss}"
];
 
echo json_encode($outputaltin, JSON_PRETTY_PRINT);
 
?>

şeklinde array olarak düzeltirseniz düzelir gibi. Onun dışında bir hata göremedim.