Hocam çok az bir info ile çözüme ulaşmamız çok zor. En azından mysql sorgularınızın bazılarını buraya yazabilirsiniz. Eğer pure php yazıyorsanız (ki tavsiye etmem) ve çok fazla bağlantılı delete sorgunuz var ise, muhtemelen timeout'a düşüyordur. mysql trigger sorgularını bir araştırın. Tek bir delete sorgusu ile bağlantılı tüm kayıtları silebilirsiniz.

Localde çalışıyorsanız, kullandığınız dosyanın en üst satırına;
ini_set('max_execution_time', 0);
set_time_limit(0);

ekleyin. Sunucuda çalışıyorsanız, sunucu sağlığı için önerilmez.